臺灣地區“中研院”院長廖俊智任期2026年6月屆滿，依規定今年年底“院長遴選委員會”必須向評議會提出候選人至少四人。廖俊智11月13日赴臺民意機構進行業務報告，國民黨民代柯志恩質詢時指出，傳出臺灣地區前領導人蔡英文副手陳建仁是四名候選人之一。而他原本是“委員會”的副召集人，還參加了8月舉辦的兩場座談會，向同仁搜集對院長的建議，卻在9月底請辭。柯志恩認為，陳建仁此舉是“裁判變球員”，提前知道面試題目，對其他三名候選人非常不公平。

“遴選委員會”發言人陳儀莊回應稱，現階段無法告知陳建仁是否為院長候選人。更稱不必擔心公平問題，因為所有會向院長候選人提出的問題，都是事后才決定的，而且8月座談會的資料也是公開的。

柯志恩則指出，這是個程序問題，如果四名候選人中有一名是前副召集人，8月時便看過所有同仁，也了解同仁對臺“中研院”的期許，就會比其他三名候選人具備更多的競爭力。如果陳建仁是候選人，就應該在剛被征詢時立刻辭去副召集人的角色，而不是在9月底才辭去，這對其他候選人非常不公平。